Qacarların şəcərə kitablarına görə Qacarların əcdadı Çingiz xanın nəslindən olan Xaqan Lunun qızı ilə evlənmişdi. Bundan sonra Qacarların bir qolu Kovalı( Kaan Lu),digər qolu isə Dovanlı adlandırılmağa başladı. Qacarların etnogenezi və ana yurdu məsələsi mübahisəli olsa da, monqolların, xüsusən də Elxanilərin hakimiyyəti illərində (1256-1336) hakimiyyət sistemində mühüm yer tutmaları bütün Qacar tarixşünasları tərəfindən vurğulanan faktdır. Qacar tayfası və xüsusən Qacar sülaləsinin tarixindən bəhs edən bütün tarixçilər tayfanın tarixinin məhz monqolların hakimiyyəti illərində başlandığını qeyd edirlər. 1925-ci ilədək davam edən bu xanədan İrandakı son türk
sülaləsidir, Qacarlar özlərini həmişə türk saymış, türkcə danışmış və əcdadlarının İrana Hülakü xanla birlikdə gəldiklərinə inanmışlar. Qacarların soy kökü haqqında Rəşid bəy Ismayılovun “Azərbaycan tarixi” kitabında belə yazılmışdı: “Təqribən yeddi yüz sənə bundan əqdəm Iran səltənəti moğolların əlində olan vaxt, qəsb etdikləri taxt və hakimiyyəti saxlamaq qəsdilə Türkstandan iki yüz min ailə Ağ hun tayfasına mənsub olan “Qayi” türklərini İrana köçürmüşdür.
Qacar eli ağcaqoyunlu, qovanlı (qoyunlu da deyilir), qaradonlu, qaramusanlı, dəvəli, ziyadlı (ziyadoğlu da adlanır), qaracasevgülən, qaytaq, qolsuzlu, qıyaqlı, gəngəldili, gəraylı, əglənli, şambayatı, yıva, izzəddinli, xəzinədarlı, teymurtaş, köhnəli, kürlü, sepanlı, daşlı və başqa oymaqlardan ibarətdir.
Ağa Məhəmməd şah Qacar müasir İran ərazilərini də Qacar xanədanlığının idarəçiliyi altında birləşdirmişdi. Amma Qacariyyə dövləti fars yox, türk (Azərbaycan) dövləti idi. Buna misal olaraq Ağa Məhəmməd xan Qacarın Buxara əmiri Şah Murada məktubuna nəzər salmaq yetər: “Bütün dünya Adəm və Həvvadan gəlir və əgər Turan hökmdarlarının ailəsinə şan-şöhrətlə öyünməyə meyl etmək yaraşarsa, axı bizim budaq da eyni kökdəndir: “Qacar-Noyon ailəsi Manqitdən aşağı deyil, – şanlı və ləyaqətli tayfamız Səldus, Cəlair və Özbəkdən daha da ucadır.
Allaha həmd olsun ki, O, Turan və İran, Bizans və Rusiya, Çin və Maçin, Hatay, Xotan və Hindustanın mülklərini, böyük türk nəsillərinə bəxş etmişdi.” (V.A.Jukovski. “Древности Закаспийского края. Развалины старого Мерва”(1894).)
J.C.Nelson, “Herat mühasirəsi kitabında yazır: “İranın Qacar hökmdarları özlərini Səfəvilərin davamçıları hesab edirdilər və məqsədli şəkildə bu imperiyanın xarici görünüşünü bərpa etməyə çalışdılar, lakin səyləri daha az uğurlu oldu”.
Qacar Dövləti – Səfəvi və Əfşar imperiyaları qədər qüdrətli dövlətə çevrilə bilməyib. Bununla belə, daxili ziddiyyətlər və xarici təzyiqlər fonunda öz varlığını daha bir əsr davam etdirən, Qacar İmperiyası tariximizin şərəfli səhifələrindən biri olaraq, qalmaqdadır.
Azərbaycan tarixinə öz adlarını qızıl hərflərlə yazmış Qacarlar Arazdan şimaldakı Azərbaycan torpaqları, xüsusilə Səfəvilər dövründə Qacarların domeni, yəni mülkü hesab edilirdi. Şah İsmayılın ən çox sevdiyi tayfa -Qacar tayfası olub, çünki bu tayfa Səfəvilər Türk imperiyasının qurulmasında böyük rol oynayıblar. (İsgəndər bəy Münşi “Tarixi-Aləmərayi-Abbasi”) Səfəvilər dövründə yüksək mövqe tutmuş tayfa mənsubları
Toygün bəy Qacar-Şəki hakimi
Ziyadoğlu Şahverdi xan Qacar-Gəncə- Qarabağ bəylərbəyi
Qulu xan Qacar-İrəvan bəylərbəyi
Əliqulu xan və Peykər xan Qacar Şirvan bəylərbəyi
Xüsusilə Qarabağ bəylərbəyliyində əsas hökumət vəzifələri Qacar nəslindən olan əmrlər idi. XVI əsrin əvvəllərindən XVIII əsrin əvvəllərinə kimi-yəni 200 il müddətində Qarabağda irsi hakimlik Qacarlar tayfasının əlində olub.
Bununla da demək olar ki, Ağa Məhəmməd Şah Qacar Qarabağa işğalçı kimi deyil, buranın sahibi, irsi hakim kimi gəlmişdi.
Ağa Məhəmməd Şah Qacarın üstün cəhətlərindən biri də beynəlxalq vəziyyəti bilməsi idi, o şah olmaqla yanaşı peşəkar diplomatiyanı da bilir, buna uyğun davranırdı. Qacar səltənətinə ilk ayaq açmış avropalılardan biri – Ser Con Malkolm yazır ki: “Ağa Məhəmməd xan Qacar şəriətə hörmət və ehtiramla yaşayırdı və zahirən müqəddəs idi. Gün ərzində çox məşğul olsa da, hər gecə namaz qılar və dua edirdi”.
Ağa Məhəmməd şah Qacar Qarabağ xanlığının və İrəvan xanlığının Rusiya çarının tabeçiliyinə keçmək cəhdlərinin qarşısını almağa çalışırdı. O, istəyirdi ki, bütün Azərbaycan torpaqları bir bayraq altında birləşdirilsin. Lakin çox təəssüf ki, o bu məqsədinə çata bilmədi. 17 iyun 1797-ci ildə Ağa Məhəmməd şah Qacar Şuşada xain sui-qəsd nəticəsində öldürülür.
Qacarın Şuşada qətlinin əmri Rusiya çarından gəlib və onun icrasını da İnfanteriya generalı Pyotor Stepanoviç Kotlyarevskiyə həvalə edirlər. O da Şah Qacarın sağ əli olan adıq xan Şəqaqi, Abbas bəy və şahın qulu Səfərəlini ələ alıb Şuşada onu qətl etdirə bilir. Ağaməhəmməd şahın cənazəsi Şuşadan Tehrana aparılıb və oradan Nəcəf şəhərinə göndərilərək 8 yanvar 1798-də birinci imam həzrət Əlinin məqbərəsi yaxınlığında dəfn edildi... Onun başını Balakənə İbrahim Xəlil xana göndərirlər, orada onu qəbiristanlıqda torpağa tapşırırlar.
Qacarın ölümü Azərbaycanın Rusiya tərəfindən işğalını sürətləndirdi. Onun qətli nəinki Azərbaycanı birləşdirməyin və rus istilasından xilas etməyin astanasında olan əzmkar bir dövlət xadiminin həyatına son qoyur, həm də xanlıqların bir bayraq altında birləşdirmək cəhdlərinə son nöqtə qoyur.