Jurnalist 2005-ci il martın 2-də yaşadığı evin blokunda güllələnib, killer ona tapançadan 7 güllə vurub. Jurnalistin qətli hələ də tam açılmamış qalır, belə ki, Elmar Hüseynovun qətlini həyata keçirən killerlərin Gürcüstan vətəndaşları Teymuraz Əliyev və Tahir Xubanov olduqları hadisədən çox keçmədən müəyyən edilsə də onların yaxalanması hələ də mümkün olmayıb. Nəticədə qətlin sifarişinin haradan verildiyini istintaq yoluyla müəyyənləşdirmək baş tutmayıb.
Bununla belə Elmar Hüseynovun dostu və vaxtilə onunla birlikdə çalışmış jurnalist Eynulla Fətullayevin apardığı təhqiqat qətlin təşkilatçılarının əslində istintaqı aparan orqanın-2015-ci ildə ləğv edilmiş MTN-nin yüksək rütbəli şəxsləri arasında ola biləcəyini göstərmişdi. Hansı ki, həmin nazirlik sahibkarlara, vətəndaşlara qarşı quldurluq, soyğunçuluq əməllərinə, əslində mütəşəkkil cinayətkar qruplaşmaya çevrilməsinə görə Elmarın qətlindən 10 il keçəndən sonra ləğv edildi, onun yüksək vəzifəli şəxsləri hazırda müttəhim kürsüsündə əyləşiblər.
Haqqin.az və virtualaz.org saytlarının kollektivi, o cümlədən Elmar Hüseynovun yaxın dostu olmuş Eynulla Fətullayev Azərbaycanda söz azadlığı uğrunda həyatını qurban vermiş mərhum jurnalisti anmaq üçün onun məzarını ziyarət edib. Allah rəhmət eləsin!