Deyilənə görə Nuru Paşa ona saat hədiyyə etmişdi və o saatı göz bəbəyi kimi qoruyurdu. Yeganə azərbaycanlı idi ki, ermənilərin azərbaycanlılara qarşı törətdiyi soyqırım haqqında əsərlər yazmışdı, təəssüf ki, sovet vaxtı təhlükəsizlik xidməti tərəfindən müsadirə edilib, yandırılıb.
Bunu daima üzdə göstərdiyi üçün onu nəzarətə saxlayırdılar. 1923-cü ildə, komissar Danilyan tərəfindən 202 saylı orderlə iyunun 14-dən 15-nə keçən gecə həbs olunmuşdu. Cəfər Cabbarlı həbsdə uzun müddət qalır, soyuq qış ayında onun kamerasının pəncərəsi açıq olduğu üçün ağır gecələr keçirirdi. Yerli nəzarətçilərdən biri ona bürünmək üçün odeyal verir. Nazik odeyalda hər dəfə onu rəisin otağına aparır və boynuna müxtəlif işləri qoymaq istəyirdilər. Belə günlərin birində Cəfər Cabbarlını rəisin otağına yollanır. Otağa çatmamış başqa bir kameranın qabağından keçməli olur. Cəfər Cabbarlı həmin kameranın qarşısında ayaq saxlamalı olur. İçəridən gələn “ay allah, donuram. Ay allah, üşüyürəm” sözləri onu tutur. Cabbarlı büründüyü ədyalı kamerada yatan məhbusa verməyi xahiş edir. Nəzarətçi Cabbarlıya deyir ki, belə etsən başın çox ağrıyacaq. Cabbarlı isə dediyindən dönmür. Ədyalı içəri ötürə bilir. Cəfər Cabbarlı buna görə ağır şəkildə cəzalandırılır. Filologiya üzrə elmlər doktoru Asif Rüstəmli yazır ki, hətta onun cəsədinin yarıldığını, ürək iflicindən dünyasını dəyişdiyi bildirilir. Beyninin isə yarılmadan Moskvaya beyin üzrə tədqiqat institutuna göndərilməsi göstərilib...