1823-cü ildə Qafqaz (Zaqafqaziya) şiələrinə (dini) başçılıq etmək üçün Tiflis şəhərində şeyxülislam vəzifəsi təsis edildi. Bu vəzifənin yaradılması birbaşa Rusiya İmperiyasının maraqlarına daxil idi. Çünki Qafqazda mövcud olan xanlıqlar və əhali İran, Ərəbistan və Türkiyədən dəstək alırdılar və onların müqəddəs bayramlarda vahid bir mövqedə olmaması ilə yanaşı dini camiyənin daxili və xarici siyasətə təsiri çox idi. Eyni zamanda Osmanlı imperiyasında, Qacar İmperiyasında Şeyxülislam vəzifəsi var idi. Bu siyasətlə Rusiya Türkiyənin və İranın təsirin regiona azaltmaq və Qafqazı ayırmaq idi.

Rus çarının 29 noyabr 1832-ci ildə Senata göndərdiyi məktubda Zaqafqaziya müsəlmanlarının Dini İşlər İdarəsi barədə əsasnamə hazırlanması təklif olunurdu. Şeyxülislamın rəhbərlik etdiyi idarənin nəzdində şiə, müftinin rəhbərlik etdiyi idarənin nəzdində isə sünni ruhani idarələri 1872-ci il 5 aprel tarixli çar fərmanı ilə təsis edildi və 1917-ci ilin fevralına qədər fəaliyyət göstərdi. Şeyxülislam və müfti çarın Qafqaz canişini tərəfindən təyin edilirdi. Ruhani idarələrin fəaliyyəti isə çarizm üsulu-idarəsi tərəfindən istiqamətləndirilirdi. Bunlar dövlət idarəsinin bir qolu sayılırdı, ruhanilər isə çar məmurlarına bərabər tutulurdu. Qeyd edim ki, İdarənin təşkilində Rus Pravoslav Kilsəsinin quruluş prinsipi əsas götürülmüşdü. Azərbaycan Cümhuriyyəti qurulandan sonra 1918-ci ildə, İdarə Bakıya köçürüldü və axund Ağa Əlizadə şeyxülislam seçilir.

1920-ci il. Qırmızı imperiya Qafqazı işğal edəndən sonra dinə qarşı ciddi mübarizəyə başlayır. Məscidləri anbara, uşaq bağçasına, kiçik səhnələrin göstərdiyi teatrlara və sairə ictimai mərkəzlərə çevirir. Düz 1944-cü ilə qədər Allahsızlar İttifaqı adı altında fəaliyyət göstərən bir hərəkat ləğv edilir. SSRİ Ali Soveti Rəyasət Həyətinin 1944-cü il 14 aprel tarixli 17 saylı qərarına əsasən 24 ildən sonra yenidən bərpa edilir. Bərpa edilən qurumun adı Zaqafqaziya Müsəlmanları Ruhani İdarəsi olur. 1992-ci ildə Şimali Qafqaz və Zaqafqaziya dini idarələri vahid qurumda – Qafqaz Müsəlmanları İdarəsində birləşdilər.Elə həmin il Şeyxülislam Allahşükür Paşazadə Qroznı şəhərində Azərbaycan, Gürcüstan, Dağıstan, Kabarda-Balkar, Çeçenistan, İnquşetiya, Qaraçay-Çərkəz və Adıgeyin din xadimləri tərəfindən yekdilliklə Qafqaz Xalqları Ali Dini Şurasının sədri vəzifəsinə seçilib. Allahşükür Paşazadə Qafqaz müsəlmanlarının 29 iyul 2003-cü il tarixində Bakı şəhərində keçirilmiş XI qurultayında yekdilliklə ömürlük sədr - Şeyxülislam seçilib.

Azərbaycanda isə Qafqaz Müsəlmanları İdarəsi ictimai birlik kimi qeydiyyata alınmışdır. Türkiyədə 1921-ci ildən sonra Şeyxülislamlıq institutu könüllü şəkildə Dini İşlər üzrə quruma birləşdi. Bizdə isə Dini İşlər üzrə Dövlət Komitəsi və Qafqaz Müsəlmanları İdarəsi ayrı-ayrılıqda fətva verirlər. Əslində bir QHT-nin dövlətin daxili və xarici siyasətinə təsir etmək imkanları olmamalıdır. QHT-lər haqqında qanunda ictimai birliklər siyasətlə məşğul olmalı deyilər. Lakin Allahşükür Paşazadə 1991-ci ildən ölkənin xarici və daxili siyasətində fəal iştirak edir. Özü də professor, tarix elmləri doktorudur.