1945-ci ilin yanvarında alman hərbi komandanlığı “Hannibal” adı verdikləri təxliyə əməliyyatına başladı. Əməliyyat sovet ordusunun hücumu qarşısında Şərqi Prussiya, Kurlandiya və Polşa dəhlizindən alman hərbçilərin və mülki əhalinin təxliyəsini nəzərdə tuturdu. “Wilhelm Gustloff" da bu əməliyyatda iştirak edirdi.

Gəmi sonuncu dəfə yanvarın 30-da saat 12:30-da Qotenhafen (indi Qdınya) limanndan çıxarkən nə qədər sərnişin daşıması dəqiq məlum deyil. Çünki limana toplaşıb təxliyə olunmaq istəyən o qədər idi ki, sonda ləngiməmək üçün xeyli adam qeydiyyatsız gəmiyə buraxıldı. Təxmini hesablamalara görə, gəmidə 10500-dən çox adam olub. Onların xeyli hissəsi mülki şəxslər, yaralılar olsa da, aralarında hərbçilər də vardı. Son amil, eləcə də gəminin zenit silahları silahlanması onu legitim hərbi hədəfə çevirirdi.

Qaranlıq düşənə yaxın gəminin kapitanın qarşı kursla mina təmizləyən gəmilərin gəlməsi barədə xəbər aldı. Adi halda maskalanmaq məqsədilə işıqları söndürməli olan kapitan həmin gəmilərlə toqquşmamaq üçün işıqları yandırır və buna görə də sovet sualtı qayığı tərəfindən asanlıqla qeydə alınır.

Aleksandr Marineskonun kapitan olduğu “C-13” sualtı qayığı “Wilhelm Gustloff"u bir müddət təqib edəndən sonra sahil tərəfdən mövqe tutaraq gəmiyə üç torpedo ilə atəş açır və üçü də hədəfə dəyir. Bundan sonra suyun altına çəkilən qayıq ustalıqla hadisə yerindən uzaqlaşır.

"Wilhelm Gustloff" hücumdan bir saat keçməmiş 45 metr dərinlikdə batır. Sərnişinlərdən yalnız 1239 nəfər sağ qaldı. Onlar qəza qayıqlarında və “Wilhelm Gustloff"u müşayiət edən gəminin köməyi ilə xilas oldular. 9-10 min arasında adam həlak oldu ki, onların da böyük əksəriyyətinin ölüm səbəbi şaxtalı su oldu. Beləcə, “Wilhelm Gustloff"un batması dənizçilik tarixində ən kütləvi ölümlə nəticələn hadisə sayılır.

30 yanvar 1945-ci il, sovet sualtı qayığının hücumuna məruz qalan “Wilhelm Gustloff” gəmisinin batması nəticəsində 10 minə yaxın adamın həlak olduğu təxmin edilir.

Sovet hökuməti İsveç və fin mətbuatı sayəsində batan gəminin adını və çoxsaylı qurbanların olmasını öyrəndi. Komandanlıq Marineskoya Sovet İttifaqı Qəhrəmanı adının verilməsi məsələsini qaldırdı. Amma intizamla bağlı problemləri olduğundan yalnız Qırmızı Bayraq ordeni ilə təltif olundu.

1945-ci ilin sentyabrında isə “vəzifə səlahiyyətlərinə məsuliyyətsiz yanaşdığına və sistematik sərxoşluğa görə” Marineskonun rütbəsi 3-cü ranq kapitandan (mayor) baş leytenanta qədər aşağı salındı. İki ay sonra da öz xahişi ilə ehtiyata buraxıldı.

Bir müddət mülki gəmiçilikdə işləyəndən sonra qan köçürmə üzrə Leninqrad elmi-tədqiqat institutunda direktor müavini oldu və 1949-cu ildə torf briketlərini oğurlamağa, instituta məxsus çarpayını mənimsəməyə görə 3 il azadlıqdan məhrum edildi. İlyarım sonra yaxşı davranışına və hərbi keçmişinə görə vaxtından əvvəl azadlığa buraxıldı.

1960-cı ildə 3-cü ranq kapitan rütbəsi özünə qaytarıldı. 1963-cü ildə xərçəng xətəliyindən vəfat etdi. 1990-cı ildə Aleksandr Marinesko Sovet İttifaqı Qəhrəmanı adına layiq görüldü.