1946-cı ilin dekabr ayından mühacirət etmiş Azərbaycan inqilabçılarının bir hissəsi Sovet Azərbaycanına gəldi. Azərbaycanın 34 rayon və şəhərində onların yerləşdirilməsinə şəxsən Pişəvəri özü rəhbərlik edib.

Onun Güney Azərbaycan dövlətinin yaranması istiqamətində Şimali Azərbaycanda fəaliyyəti bəzi qüvvələri narahat edirdi. 1947-ci ilin isti yay günlərində Seyid Cəfər Pişəvəri Gəncədə idi. O, tək deyildi. Qonaqlar arasında respublika Dövlət Təhlükəsizliyi Nazirliyi katibliyinin rəisi, SSRİ-nin Təbrizdəki konsulunun müavini işlədiyi illərdən Pişəvərinin tanıdığı Nuru Quliyev, general Qulam Yəhya da vardı...

Qonaqlar general Qulam Yəhyanm “Hudzon” markalı avtomaşınında yay gecəsinin sakitliyində Şəkiyə tərəf irəliləməkdə idilər. “Hudzon”un sürücüsü kim idi? Karnik Məkiyan.

Onun mənşəyi DTK rəhbərlərinə yaxşıca məlum idi. Atası İranda Daşnaksütyun partiyasının lideri olub. Arvadı vaxtilə Britaniyanın İrandakı səfirliyində işləyib. Karnik Məkiyanın adına Azərbaycan SSR Dövlət Təhlükəsizliyi Nazirliyinin şöbəsində şəxsi vərəqə açılıb. Məlikyan iki il Abadandakı ingilis şirkəti rəisinin sürücüsü işləyib və etiraf etdiyinə görə ingilislərin casusu olaraq “Cənubi Azərbaycan” demokratik hərəkatına qoşulub və onlarla bərabər Sovet İttifaqına qaçıb.

1944-49-cu illərdə respublika Dövlət Təhlükəsizliyi Nazirliyi Yevlax rayon şöbəsinin müdiri vəzifəsində işləmiş Lətif Salayevin şahid ifadəsində deyildiyi kimi, Karnik Məlikyanın xarici kəşfiyyatın agenti olması Dövlət Təhlükəsizliyi naziri Yemelyanova məlum idi. Buna baxmayaraq, erməni sürücü general Qulam Yəhyanın maşınını sürməkdə idi. Ona hətta Pişəvərini də gəzdirməyi tapşırıblar. Azərbaycan xalqının qatillərinə nökərlik edən K.Məlikyan Yevlaxın 14 kilometrliyində maşını qəzaya uğradıb... Guya maşını gecə vaxtı sürdüyündən sükan arxasında onu yuxu tutub. Sürücüdən soruşan olmayıb ki, sükanın ikiyə böiünməsinə baxmayaraq, sənə heç bir xətər dəymədiyi halda necə olub ki, yanında əyləşən Pişəvəri qabırğası əzilib, ayağı sınıb, başı yaralanıb?

Deyilənə görə, S.C.Pişəvəri qəzadan bir neçə gün əvvəl AKP MK-nın büro iclasında təkəbbürlü bir generalla sözləşib. Cənubi Azərbaycana aid olan hansı məsələ üstəsə mübahisə edib. O qədər həyəcanlanıb ki, yerindən ayağa qalxıbmış. İnandırıcı dəlillərlə generalın fikrinin səhv olduğunu göstərib. Bu zaman M.C.Bağırov hiddətlənib. Üzünü S. C. Pişəvəriyə tutub hörmətsizliklə: – “Əşşi, otur yerində”, – deyib. Sonra gözlərindən eynəyi çıxarıb dəsmalla silib... Sanki bu, S. C. Pişəvərinin yer üzündən silinməyinə bir işarə olub...

Əvvəlcədən qurulmuş maşın qəzasında Pişəvərinin sağ qalması “əməliyyatın” tam həyata keçirilməməsi demək idi. Ona görə də Pişəvərinin ölümü, necə deyərlər, təşkil olunmalı idi.

1947-ci il iyul ayının 11-də Pişəvəri ölümcül halda Yevlax rayon xəstəxanasına gətiriləndə huşu özündə imiş. Həkimlərdən xahiş etdi ki, Bakıdan doğma qardaşını gətirsinlər, o, həkim-cərrahdır. Əvəzində Xankəndindən cərrah Əsriyan gəldi. Pişəvəri Gəncədəki iyirmi yaşlı oğlunu yanında görmək istədi. Xəbər çatdırmadılar. İyulun 12-də Bakıdan həkimləri gətirən təyyarə Yevlaxa endi. Artıq gec idi. Pişəvəri cərrahiyyə əməliyyatından ayağa qalxmadı...

Erməni həkimi Ərsinyanın vurduğu zəhərli iynə onun həyatına son qoydu!!

Xəstəxanada baş verənlər heç vaxt məlum olmur. Nəhayət iki gün sonra onun cənazəsi ailəsinə verilir. Bəzilərinə görə qəzadan bir gün sonra, yəni iyulun 12-də Pişəviri vəfat edib. Hətta ölüsünün yanına belə kənar adamların buraxılmasına icazə verilmir. Onun Bakıda dəfn edilməsinə də icazə verilmədikdən sonra Buzovnada dəfn edilir. Daha sonra Mir Cəfər Pişəvərinin məzarı Bakıda Birinci Fəxri Xiyabana köçürülür. Bir çox araşdırmaçı və tarixçiyə görə Mir Cəfər Pişəvəri bir başa Moskvanın əmri ilə qətlə yetirilib. Həmin illərdə onun ölümünü araşdıran bir tədqiqatçının da Moskvada bir oteldə müəmmalı şəkildə ölməsi bu iddiaya sübut kimi göstərilə bilər.